Algunas unidades de iPhone 6s, y más concretamente unidades fabricadas entre septiembre y octubre de 2015, tienen un defecto en su batería. Apple lo ha reconocido y ha facilitado información al respecto asegurando, en primer lugar, que no suponen un riesgo para la seguridad de sus usuarios. Lo que sí supone este defecto de fabricación, sin embargo, es una degradación prematura del hardware que se traduce en problemas de alimentación repentinos, con apagados e irregularidades en la autonomía del dispositivo.